马来西亚理科大学（USM）于2010年4月29日获得马来西亚学术资格鉴定机构（MQA）授予的自主认证资格，该认定基于2010年3月8日至12日期间开展的学术绩效审计(APA)/自主认证/院校审计评估。MQA在2015年12月14日至17日之间进行了首次自主认证维护审计。
自主认证系统（PSA）由校长作为主要领导人，并设立专门的管理架构来运作，负责管理涉及院校和学术课程层面的自主认证事务。PSA由AZURA A. RASHID博士副教授担任主任和MAHADI MOHAMAD博士副教授担任副主任，共同确保USM的认证系统实施符合既定标准。
